Năm 1947

Năm 1947, cùng chung số phận với hàng loạt các cơ sở Phật giáo cả nước, chùa linh Mụ cũng bị Pháp đánh phá và chiếm đóng. Ngài Trừng Nguyên Giác Thanh bị Pháp bắt, tra tấn và sau cùng bắt tự đào huyệt chôn mình và suýt bị bắn chết, may nhờ bà Từ Cung (mẹ vua Bảo Đại) can thiệp mới được thả.