Năm 1954

Ngày 20/7/1954, Hiệp định Genève được ký kết, hòa bình lập lại trên đất nước ta.

Giáo hội Lục Hòa Tăng Nam Việt tổ chức một cuộc họp nhằm để kiện toàn cơ cấu tổ chức của mình. Theo đó, nhân sự của Giáo hội trong năm này đã được bầu lại như sau:
Ban Chứng minh với sự tham gia của các vị Hòa thượng chùa Giác Ngộ (Chợ Lớn), Bình Hòa (Bình Đông), Bửu Lâm (Mỹ Tho), Long Khánh (Trà Vinh).
Ban Chức Sự gồm: Đại Tăng trưởng là Hòa thượng Thiện Tòng (Sài Gòn), Tăng giám là Hòa thượng Thành Đạo (Nancy), Phó Tăng giám là Hòa thượng Minh Đức (Chợ Lớn), Kiểm soát là Hòa thượng Huệ Thành (Biên Hòa) và Tâm Đồng (Thủ Dầu Một), Chánh Giáo sư là Hòa thượng Pháp Nhạc (Sài Gòn), Thủ quỹ là Đoàn Trung Còn (Sài Gòn), Tổng Thư ký là Giảng sư Huệ Chí (Bến Tre), Thư ký là Giáo thọ Huệ Sinh (Sài Gòn), Phó Thư ký là Cư sĩ Thanh Đạm.
Ban Hoằng pháp do Giảng sư Huệ Chí làm Trưởng ban, phụ trách Ban là Yết ma Bửu Chánh (Thủ Đức), Giảng sư Chơn Như (Châu Đốc).
Cũng trong năm này, Giáo hội đã thành lập thêm 4 Tiểu ban mới:

Ban Nghiên cứu do Yết ma Bửu Ngọc (Thủ Đức) làm Trưởng Ban, phụ trách là Pháp Nhạc, Huệ Chí, Bửu Chánh;
Ban Nghi lễ tổ chức do Hòa thượng Diệu Giác (Gia Định) làm Trưởng ban, phụ trách là Giáo thọ Thiện Xuân (Chợ Lớn) và Cư sĩ Thiện Trực (Sài Gòn);
Ban Thông sự do Yết ma Quảng Đạt làm Trưởng ban, phụ trách là Giáo thọ Thiện Tâm (Phú Nhuận);
Ban Giám đốc Trường Phật học là Hòa thượng Huệ Chí, Giám trường là Giáo thọ Thiện Phú, Quản sự là Giáo thọ Thiện Xuân, phụ trách tài chính là cô Tư Trung Hòa .
Trên cơ sở của sự ổn định về mặt cơ cấu tổ chức, nhân lực tham gia cùng sự mở rộng về phạm vi ảnh hưởng, năm 1956, dưới sự chỉ đạo của các bậc cao Tăng trong chốn tòng lâm Cổ Sơn Môn Nam Việt mà tiêu biểu Hòa thượng Thiên Trường, Hoằng Đức, Đạt Thanh, 4 nhân vật là Hòa thượng Thiện Tòng, Thành Đạo, Minh Đức và Huệ Chí đã đứng ra hiệu chỉnh lại bản điều lệ, thành lập Ban chức sự lâm thời, đồng thời gửi đơn lên chính quyền đương thời để xin được phê duyệt.
Đến ngày 1/10/1957, Bộ Nội Vụ chính quyền Việt Nam Cộng Hòa ký Nghị định số 93-BNV/NA-P5, về việc chấp thuận bản điều lệ, quy tắc cũng như việc cải tổ Giáo hội Lục Hòa Tăng Nam Việt thành Giáo hội Lục Hòa Tăng Việt Nam. Như vậy, đến đây phạm vi hoạt động của Giáo hội đã được mở rộng từ khu vực Nam Bộ sang cả nước. Đây là một thành công rất lớn của tổ chức này.
Theo thống kê thì đến tháng 10/1958, Giáo hội Lục Hòa Tăng Việt Nam đã có 12 chi nhánh ở các tỉnh thành là: Chi nhánh ở Sài Gòn do Hòa thượng Kiễn Phước làm Tăng trưởng, chi nhánh ở Gia Định do Hòa thượng Long Vân làm Tăng trưởng, chi nhánh ở Định Tường do Hòa thượng Linh Phước làm Tăng trưởng, ở Bình Dương do Hòa thượng Hội Khánh làm Tăng trưởng, ở Quảng Ngãi do Hòa thượng Trí Hưng làm Tăng trưởng, kiêm đại diện Giáo hội Trung phần và Cao Nguyên, ở Biên Hòa do Hòa thượng Huệ Thành (trụ trì chùa Long Thiền) làm Tăng trưởng, ở Vĩnh Long do Hòa thượng Hội Đức làm Tăng trưởng, ở Long An do Hòa thượng Hóa Sự làm Tăng Trưởng, ở Phước Tuy do Hòa thượng Pháp Trí làm Tăng trưởng, ở Tây Ninh do Hòa thượng Phước Lưu làm Tăng trưởng, ở Châu Đốc do Hòa thượng Chơn Niệm làm Tăng trưởng (lễ suy tôn được tổ chức vào ngày 6/3/1953, tại chùa Châu Viên) và 1 chi nhánh còn lại ở Cao Miên.
Bên cạnh việc xây dựng hệ thống tổ chức dành cho các Tăng sĩ, Giáo hội Lục Hòa Tăng Nam Việt cũng thành lập thêm một tổ chức để các cư sĩ Phật tử có cơ sở sinh hoạt. Tổ chức này được thành lập vào năm 1953, với tên gọi là Hội Lục Hòa Phật tử Nam Việt và trụ sở đặt tạm tại chùa Phật Ấn, gần ga Nancy, Sài Gòn. Ông Trần Văn Đính được bầu làm Hội trưởng (đến năm 1956, Hòa thượng được bầu Thành Đạo làm Hội trưởng), ông Đoàn Trung Còn làm Phó Hội trưởng. Mục đích chính của Hội là chăm lo tốt cho đời sống của các Tăng, Ni, Phật tử có tuổi, giúp đỡ họ cho được chu toàn khi qua đời . Cơ cấu tổ chức của Hội được chia làm 4 cấp: Trung ương hội, Tỉnh hội, Quận/Huyện hội và Phân hội. Hội viên của Hội được phân chia làm 5 hạng gồm: Hội viên Danh dự, Sáng lập, Phước đức, Hành sự và Vĩnh viễn.
Tháng 3/1954, Hội Lục hòa Phật tử Nam Việt được Thủ tướng Chính phủ ký nghị định chính thức công nhận tính chính danh và cho phép mở rộng phạm vi hoạt động ra toàn quốc. Lý giải cho sự ra đời của tổ chức này, Ban Chức sự cho rằng: “Giáo hội Lục Hòa Tăng là một đoàn thể tinh tu phẩm hạnh của phái sơn môn, Hội Lục Hòa Phật tử là đoàn thể tín đồ để làm hậu thuẫn, ủng hộ Lục Hòa Tăng về mọi phương diện trên tinh thần hoạt động. Mong quý ngài hoan hỷ đoàn kết chặt chẽ với Hội Lục Hòa Phật tử để củng cố nền tảng đạo đức tương lai cho mỗi chùa trên địa hạt hoằng hóa tín đồ. Mỗi vị trụ trì đều có nghĩa vụ phải làm đại diện cho 2 đoàn thể Lục Hòa Tăng và Lục Hòa Phật tử. Hai hội này cũng như thân thể con người, có 2 tay, 2 chân. Nếu thiếu một thì bất thành thân thể tốt đẹp của con người vậy” .