Năm 1960

Ngày 6 tháng 4 năm 1960, một số cơ sở cách mạng bị lộ, khiến nhiều người bị bắt như Hòa thượng Thành Đạo chùa Phật Ấn, Hòa thượng Huệ Chí, Hòa thượng Lý Thụy Kim cũng bị bắt, chúng điều tra biết ngài là Hòa thượng Thích Minh Nguyệt nên đưa ra tòa kêu án 20 năm tù và đầy ra Côn Đảo. Sau Hiệp định Paris (1973), Hòa thượng mới được trao đổi tù binh tại Lộc Ninh, còn Hòa thượng Thích Thiện Hào phải rời chùa Giác Ngạn lánh về miền Tây và được Hòa thượng Pháp Tràng liên lạc với tổ chức đưa ngài vào chiến khu Đồng Tháp Mười . Vì một số Hòa thượng đứng đầu Giáo hội Lục Hòa Tăng Việt Nam bị bắt nên các hoạt động của Giáo hội cũng ngưng hoạt động cùng trường Phật học Đức Hòa, tạp chí Phật học, xưởng in đều bị đóng cửa…Những biến động này xảy ra và liên quan đến chùa Thiên Tôn do Hòa thượng Thích Minh Đức trụ trì là nơi tiếp xúc, hội họp của cán bộ Trung ương và Sài Gòn. Cùng trong năm này, để bổ sung sự thiếu hụt cán bộ lãnh đạo Giáo hội Lục Hòa Tăng, Hòa thượng Thích Huệ Thành được cử làm Tăng giám Trung ương Giáo hội Lục Hòa Tăng Việt Nam.