Năm Giáp Thìn (1964), GHPGVNTN tỉnh Quảng Nam thành lập, Ngài Như Vạn Trí Phước được bầu giữ chức vụ Ðặc ủy Cư sĩ kiêm Chánh đại diện GHPGVNTN quận Hiếu Nhơn.
Năm Bính Ngọ (1966), Ngài lại dấn thân trong phong trào đấu tranh chống Thiệu–Kỳ bảo vệ hiến chương Phật giáo. Kết thúc cuộc đấu tranh ấy là Ngài và Hòa thượng Thích Long Trí bị bắt giam tại Cục an ninh quân đội Sài–gòn, đến cuối năm mới được trả tự do.