Năm Bính Ngọ (1966), Ngài Như Quả Thiện Hoa đảm nhận chức Viện trưởng Viện hóa đạo GHPGVNTN. Trong giai đoạn này mặc dù có nhiều sóng gió, nhưng Ngài vẫn vững vàng chèo chống, lấy sự tồn tại của đạo pháp trong sự tồn tại của dân tộc làm đường lối lãnh đạo.