Năm 1988
Năm 1988, ngày 28 tháng 8 Tòa Án Nhân Dân Thành Phố HCM xét xử đại đức Tuệ Sỹ (Phạm Văn Thương), Trí Siêu (Lê Mạnh Thát) và nhiều tăng ni (trong đó có HT Thích Đức Nhuận và ni sư Trí Hải) và cư sĩ khác (tất cả 21 người) về tội danh “ tổ chức Lực Lượng Việt Nam Tự Do lật đổ chánh quyền, lập các mật khu Núi Bể (Bình Tuy), Sông Lanh (Đồng Nai), Cây Gáo (Đồng Nai) tàng trữ lương thực, vũ khí, tài liệu và huấn luyện quân sự từ giữa năm 77 tới cuối 82 ”. Họ bị bắt giam từ ngày 1 tháng 4.84. Ngày 9 tháng 10 Tòa án Cộng Sản tuyên án tử hình Tuệ Sỹ và Trí Siêu và án tù những người khác. Hai đại đức Tuệ Sỹ và Trí Siêu cương quyết không xin ân xá. Tuệ Sỹ tuyên bố: Lập trường của chúng tôi là lập trường của Phật Giáo và Đại Khối Dân Tộc. Lê Mạnh Thát khẳng định trước tòa: Chúng tôi tranh đấu cho Tự Do, Nhân Quyền, cho cơm no áo ấm của đồng bào. Chúng tôi không cần xin một sự khoan hồng nào cả. Các hội đoàn người Việt và các tổ chức Phật giáo VN tại hải ngoại đã cấp thời và tích cực vận động được nhiều chánh phủ và nhân sĩ quốc tế làm áp lực yêu cầu chính quyền Hà Nội phải hủy bỏ hai án tử hình trên. Ngày 15 tháng 11, nhà cầm quyền VN giảm án Tuệ Sỹ và Trí Siêu còn 20 năm tù, các người khác cũng được giảm án. Đây là cuộc vận động dư luận được coi là đoàn kết nhất, cấp thời nhất, tích cực nhất và hiệu quả nhất của Phật Giáo VN tại hải ngoại.
Được giới trí thức Phật Giáo coi là hai nhà sư uyên bác nhất của Phật Giáo Việt Nam hiện đại, hai đại đức Tuệ Sỹ và Trí Siêu được HT Trí Thủ giao phó việc biên soạn bộ Bách Khoa Phật Học Đại Tự Điển. Công tác này tiến hành từ năm 1981 tới 1984 còn ở giai đoạn sưu tập tài liệu thì hai người bị chính quyền Cộng Sản bắt, tài liệu nghiên cứu bị tịch thâu. Sau đó không lâu, HT Trí Thủ cũng tịch một cách bí ẩn, dư luận cho rằng ông bị Công An Cộng Sản đầu độc vì liên hệ thân thiết với Tuệ Sỹ và Lê Mạnh Thát.
Sau khi được trả tự do năm 1999, Tuệ Sỹ được HT Quảng Độ đề cử làm Tổng Thư Ký Viện Hóa Đạo và tích cực trong nhiệm vụ này, Lê Mạnh Thát trở về Viện Nghiên Cứu Phật Học miệt mài nghiên cứu kho tài liệu đồ sộ ông đã cố công sưu tập trong thời gian 1966 – 1972 khi du học tại Mỹ và biên soạn một loạt tác phẩm về lịch sử Phật Giáo VN.