Năm 1992

Ðến năm Nhâm Thân (1992), nhân dịp khánh thành Bảo tháp Tổ sư Minh Hải, môn phái Chúc Thánh mới được chính thức thành lập. Ðây là nhu cầu thiết yếu để duy trì truyền thống và sự phát triển của tông môn. Chư Tăng ni thuộc môn phái khắp các tỉnh thành trong cả nước đều vân tập về Chúc Thánh để tổ chức hội nghị thành lập môn phái. Danh xưng chính thức được gọi là Môn phái Lâm Tế Chúc Thánh và đặt trụ sở chính tại Tổ đình Chúc Thánh, Hội An. Cơ cấu tổ chức bao gồm 2 Hội đồng: Hội đồng Trưởng lão và Hội đồng Ðiều hành. Hội đồng Trưởng lão gồm các vị tôn túc tiêu biểu cho giới luật, có nhiệm vụ chứng minh các đại lễ, đàn giới của môn phái. Hội đồng Ðiều hành có trách nhiệm điều hành mọi công tác Phật sự của môn phái. Ðứng đầu môn phái có một vị Trưởng môn phái và nhiều vị Phó trưởng môn phái, Chánh–Phó thư ký và các Ủy viên. Các vị Phó trưởng môn phái là Chi phái trưởng tại các tỉnh thành. Hội nghị cũng đã thông qua bản Nội Quy của môn phái bao gồm 7 chương 16 điều. Ðồng thời, trong hội nghị này, môn phái cũng đã quy định 3 năm một lần vào ngày giỗ tổ Minh Hải mồng 7 tháng 11 các năm thuộc chi Dần, Tỵ, Thân, Hợi, Tăng ni các nơi tổ chức “Về nguồn” để họp bàn tổng kết đánh giá những thành tựu, ưu khuyết của môn phái, từ đó, vạch ra chương trình sinh hoạt trong những năm tới. Thông lệ này được thực hiện một cách đều đặn từ ngày đó đến nay.
Xuyên suốt 300 năm truyền thừa trên đất Quảng, thiền phái Lâm Tế Chúc Thánh hình thành và phát triển theo thời gian. Dần theo năm tháng, với những chuyển biến của dân tộc, môn phái Chúc Thánh có những tổ chức cụ thể để duy trì truyền thống của tông môn. Sự kiện thành lập Môn phái Lâm Tế Chúc Thánh vào năm Nhâm Thân (1992) là đỉnh cao của tinh thần hòa hợp Phật giáo. Ðây là một tổ chức kiện toàn nhất của dòng Lâm Tế Chúc Thánh từ trước đến nay.