Ðầu năm Quý Mùi (2003), Hòa thượng Tâm Thanh Chơn Nghiêm trao quyền trú trì cho trưởng tử Thích Nguyên Hiền và nhập thất tịnh tu cho đến khi viên tịch vào ngày 13 tháng 2 nhuần năm Giáp Thân (02/04/2004), thế thọ 74 tuổi, Tăng lạp 40 hạ.
Về mặt truyền thừa, Hòa thượng thọ giáo với hai vị Hòa thượng truyền thừa theo hai bài kệ của tổ Liễu Quán và tổ Minh Hải. Về 5 giới thì Ngài thọ pháp dòng thiền Liễu Quán với pháp danh Tâm Thanh. Về thế độ thì Ngài thọ pháp dòng Lâm Tế Chúc Thánh với pháp tự Giải Tịnh. Tuy nhiên, khi truyền pháp, Hòa thượng truyền theo pháp kệ của tổ Thiệt Diệu–Liễu Quán.