Sau khi Bắc Ngụy chia ra Đông Ngụy và Tây Ngụy, nước kế tiếp Đông Ngụy là Bắc Tề, và Tây Ngụy là Bắc Chu. Vua Bắc Chu là Hiếu Mẫn Đế và Hiếu Ninh Đế, cũng tin Phật giáo nhưng lấy tư tưởng Nho giáo làm văn hóa chính. Tới đời vua thứ ba là Võ Đế, sau khi tức vị (560), vì có hoài bão thống nhất lễ giáo, và thôn tính Bắc Tề, thống nhất thiên hạ, nên vua đã hạ chiếu chỉ phá hủy Phật giáo. Trong lịch sử Phật giáo Trung Quốc gọi đây là lần pháp nạn thứ hai trong “Tam Võ nhất Tông pháp nạn”.
Nguyên nhân gây ra sự phá Phật này là do Vệ Nguyên Tung và Đạo sĩ Trương Tân. Trước hết, năm Thiên Hòa thứ 2 (567), Vệ Nguyên Tung dâng tấu kiến nghị nên phá hủy tất cả những chùa viện, mà chỉ lập một ngôi chùa lớn gọi là “Bình Đẳng Diên Tự”. Ngôi chùa này sẽ là nơi quy tụ của vạn dân, mà Hoàng đế tức là Như Lai. Vì vậy nhà vua đã hai ba lần hiệp nghị cùng với quần thần để giải quyết vấn đề đó nhưng chưa đi đến quyết định cuối cùng. Tới năm Thiên Hòa thứ 4 (569), vua hội họp tất cả các bậc Cao tăng, Danh nho, và Đạo sĩ, cùng tất cả hơn 200 người hiệp nghị, để bàn về lẽ hơn kém của các đạo, nhưng cũng không đi tới kết quả. Vua lại sắc cho Yên Bình để nghiên cứu về lẽ hơn kém đó. Yên Bình vâng lệnh vua soạn ra bộ Tiếu Đạo Luận (3 quyển) đệ lên vua, trong đó có bàn rõ lý do hư ngụy của Đạo giáo và lý do chân chính của Phật giáo. Năm Thiên Hòa thứ 5 (570) vua lại cho triệu tập đại hội để giải quyết những điều do Yên Bình đã trình bày, nhưng trong nhóm quần thần có Đạo sĩ Trương Tân tâu vua là bộ luận đó rất có hại cho đạo pháp, nên đã bị đốt trước cung đình. Sau đó còn có nhiều kỳ thảo luận để xếp thứ bậc của tôn giáo, kết cục Nho giáo đứng ở bậc nhất, Đạo giáo xếp hạng thứ hai và Phật giáo xếp hạng thứ ba. Tuy vậy nhưng phe Đạo sĩ vẫn chưa thỏa mãn, nhất là Trương Tân cố gắng tìm cách phá hoại Phật giáo, lại đề nghị tranh biện để quyết một phen hơn thua với Phật giáo. Tới năm Kiến Đức thứ 3 (574) ngày 17 tháng 5 vua cho họp các Cao tăng, Đạo sĩ lại để đăng đàn thảo luận. Đại biểu của Phật giáo có Trí Huyễn, bên Đạo giáo có Trương Tân lần lượt đăng đàn thảo luận, kết cục Trương Tân phải khuất phục trước sự hùng biện của Trí Huyễn. Nhà vua có thâm ý phế Phật, nhưng vì lý do trên, nên vua không thể phá bỏ Phật giáo được, nên sau ngày thảo luận, vua liền hạ chiếu phế bỏ cả hai đạo là Phật giáo và Đạo giáo. Như vậy thời kỳ phế Phật lần thứ hai này, là phế cả Phật giáo và Đạo giáo.
Sau khi chiếu chỉ phá Phật được ban bố, thì chùa miếu hoặc bị phá hoại, hoặc lấy làm nơi trụ trạch cho công khanh, kim tượng bị thiêu hủy, tài sản Tam bảo bị tịch thu, 3.000.000 Tăng Ni phải hoàn tục, hoặc trốn lánh vào núi rừng. Trong lúc nhà vua hạ lệnh phá Phật cũng đã có các danh Tăng như Tịnh Yết, Đạo Tích v.v., hết sức phản kháng nhưng cũng vô hiệu. Sau khi Võ Đế phá Phật giáo tại Bắc Chu, năm 575 vua đem quân tiến đánh Bắc Tề, tới năm sau (576) thì chiếm xong Bắc Tề. Khi chiếm xong Bắc Tề (577), vua lại hạ lệnh phế bỏ Phật giáo tại Bắc Tề. Tất cả sự nghiệp huy hoàng của Phật giáo Bắc Tề, nay bị Võ Đế tiêu diệt hoàn toàn. Trong khi vua phá Phật cũng có rất nhiều các danh Tăng đứng ra phản đối, nhưng cũng vô hiệu. Thí dụ như Tuệ Viễn là người đã hết sức can ngăn vua, trong bộ Quảng Hoằng Minh Tập thấy chép: “Bệ hạ nay cậy sức mạnh tự do phá diệt Tam bảo, đó là người tà kiến, sau sẽ phải sa đọa vào địa ngục A Tỳ chịu khổ đời đời”. Vua liền trả lời: “Nếu khiến trăm họ được vui, Trẫm cũng không từ cái khổ ở địa ngục”. Ngài Tuệ Viễn lại nói, bệ hạ lấy tà pháp hóa nhân, gây nên nghiệp khổ, tất nhiên nhân dân sẽ cùng bệ hạ vào địa ngục A Tỳ”. Sau khi đã can vua nhưng không đem lại kết quả gì, Ngài liền về lánh nạn ở núi Thanh Liêu, chú thích được bộ kinh Niết Bàn. Tới đời nhà Tùy, Ngài được vua Văn Đế mời về giảng kinh tại chùa Tịnh Ảnh ở Lạc Dương, và phục hưng Phật giáo tại đây. Vì Ngài ở chùa Tịnh Ảnh nên người đương thời gọi Ngài là Tịnh Ảnh Pháp sư, để phân biệt với tên “Tuệ Viễn” ở Lư Sơn. Ngay sau năm phá diệt Phật giáo (578) Bắc Tề, thì vua Võ Đế băng hà, con là Tuyên Đế nối ngôi, Phật giáo lại có cơ hội phục hưng, vì vua đã chấp thuận lời tâu xin phục hưng Phật giáo của Sa môn Đạo Lâm, nên đầu niên hiệu Đại Thành (579), vua lại hạ lệnh phục hưng Phật giáo và Đạo giáo. Tuy nhiên, cơ hội phục hưng Phật giáo còn phải đợi ở đời Tùy.
