● (Bīja) là những chữ Phạn được coi là tâm tủy của những bài chân ngôn do chư Phật, Bồ Tát nói, hoặc được coi là ngữ mật thân của Phật, Bồ Tát, thường được quán tưởng khi hành nhân trì tụng chân ngôn. Gọi là chủng tử vì “từ một chữ có thể sanh ra nhiều chữ, nhiều chữ lại có thể thâu gọn trong một chữ”. Chẳng hạn chủng tử của Đại Nhật Như Lai là A, chủng tử của A Di Đà Phật là Hrih.
● Cái công năng phát sinh ra vạn pháp ở trong thức a-lại-da, tông Pháp Tướng gọi là “chủng tử”, cũng như hạt giống của cỏ cây phát sinh ra hoa trái vậy.
Theo Thành Duy Thức Luận, chủng tử luôn luôn có đầy đủ sáu ý nghĩa – mà đồng thời cũng là sáu điều kiện:
1) Vì chịu luật vô thường chi phối, chủng tử cũng biến chuyển, sinh diệt trong từng sát na, không ngưng nghỉ, gián đoạn. Thuật ngữ Duy Thức học gọi đó là “sát na diệt”.
2) Thức và căn sinh khởi đồng thời, không cách rời nhau, mới sinh ra hiệu dụng. (Như khi nhãn căn đối trước sắc cảnh, thì nhãn thức cũng cùng lúc sinh khởi để duyên cảnh, mới đưa đến tác dụng thấy cảnh.) Thuật ngữ Duy Thức học gọi đó là “quả câu hữu”. (Quả ở đây là chỉ cho thức và căn.)
3) Khi thức khởi động thì chủng tử liền chuyển động theo, không cách rời. Thuật ngữ Duy Thức học gọi đó là “hằng tùy chuyển”.
4) Khi thức duyên cảnh, luật nhân quả vẫn chi phối rõ ràng, không lộn xộn. (Như nhãn thức duyên với cảnh ác thì sẽ thành ra pháp ác, chứ không thể thành ra pháp thiện.) Thuật ngữ Duy Thức học gọi đó là “tánh quyết định”. (Tánh ở đây là tánh thiện, tánh ác, hay tánh vô kí.)
5) Chủng tử của các thức không thể tự mình sinh khởi được, mà phải nhờ các duyên hỗ trợ. (Như chủng tử nhãn thức sinh khởi được là nhờ có khoảng không, ánh sáng, nhãn căn, cảnh vật, v.v…) Thuật ngữ Duy Thức học gọi đó là “đãi chúng duyên”.
6) Chủng tử của pháp nào thì sẽ sinh khởi hiện hành của pháp đó, không hề lẫn lộn. (Như chủng tử sắc pháp thì sẽ hiện khởi sắc pháp; chủng tử tâm pháp thì sẽ hiện khởi tâm pháp; nhãn căn đối trước sắc cảnh thì nhãn thức liền duyên sắc cảnh, chứ không duyên với thanh cảnh, v.v…) Thuật ngữ Duy Thức học gọi đó là “dẫn tự quả.”
Về tính chất, Duy Thức học phân chia chủng tử có hai loại tổng quát: hữu lậu và vô lậu. Loại chủng tử hữu lậu có công năng sinh khởi mọi hiện tượng trong ba cõi; loại chủng tử vô lậu là nhân của thành quả giải thoát giác ngộ. Về thể loại, chủng tử cũng được chia làm hai loại: bản hữu và thỉ hữu. Bản hữu chủng tử là các chủng tử vốn có từ vô thỉ đến nay, được chứa giữ trong a-lại-da thức – cho nên cũng được gọi là “bản tánh trụ chủng”; thỉ hữu (hay tân huân) chủng tử là các chủng tử mới được huân tập vào thức a-lại-da trong đời sống hiện tại – cho nên cũng được gọi là “tập sở thành chủng”. Các chủng tử cũ và mới này hòa hợp lại, tạo thành những biểu hiện của hiện hữu huyễn vọng trong đời sống chúng ta. Chủng tử từ thức a-lại-da đã biến hiện thành vạn pháp, mà thuật ngữ Duy Thức học gọi là “hiện hành”. Mối quan hệ trọng yếu đó được Duy Thức học giải thích rõ bằng thuyết: “Do ba pháp cấu thành hai tầng nhân quả”. Ba pháp (tam pháp) đó là: bản hữu chủng tử, hiện hành và tân huân chủng tử; hai tầng (nhị trùng) nhân quả là: chủng tử sinh hiện hành và hiện hành huân chủng tử. Khi chủng tử cũ (bản hữu chủng tử) sinh khởi thành hiện hành thì chủng tử là nhân của hiện hành; cùng ngay lúc đó, hiện hành ấy lại huân tập thành chủng tử mới (thỉ hữu, hay tân huân chủng tử), thì hiện hành vừa là quả của chủng tử cũ, đồng thời cũng là nhân của chủng tử mới. Trong bước triển chuyển này, chúng ta cũng thấy ngay rằng, chính chủng tử ở sát na trước đã sinh ra chủng tử ở sát na sau; mà Duy Thức học đã nói một cách gọn ghẽ là “chủng tử sinh chủng tử”