Năm 1658
Vào năm 1658, chúa Hiền Vương Nguyễn Phúc Tần (1648-1687) đã can thiệp vào nội tình nước Chân Lạp, bắt được vua xứ ấy là Nặc Ông Chân, khiến phải triều cống và buộc phải nhường đất Mô Xoài, Đồng Nai;
Năm 1679 lại có tướng Dương Ngạn Địch và trần Thượng Xuyên (Trần thắng Tài) với 3.000 quân sĩ nhà Minh sang đầu hàng, chúa cho vào khai phá đất Đông phố ở miền Đông Nam Bộ và Mỹ Tho.
Năm 1698 là mốc khởi đầu cho kỷ niệm 300 năm đất Nam Bộ mà chúng ta hiện nói đây. Năm ấy, chúa Nguyễn Phúc Chu sai Lễ Thành hầu Nguyễn Hữu Cảnh lấy đất Đông Phố ra làm hai dinh là Trấn Biên dinh và Phiên Trấn dinh thuộc phủ Gia Định, rồi chiêu mộ dân từ Hoành Sơn, Thuận-Quảng trở vào đến làm ăn lập thêm thôn xã, khai khẩn ruộng đất. Ở Trấn Biên dinh lại có Thanh Hà xã. Ở Phiên Trấn dinh có Minh Hương xã là hai vùng kiều cư người Hoa. Về sau có Mạc Cửu đến khai khẩn đất hoang, có bộ chúng đi theo lập thành Hà Tiên; rồi đến năm 1708, Mạc Cửu thần phục chúa Nguyễn và đem đất Hà Tiên sáp nhập vào đất của chúa Nguyễn. Đến năm 1765 thì toàn địa phận Nam Bộ hiện nay đều được khai phá, thiết lập bộ máy hành chánh-cai trị.
Các chùa khác với ngoài Bắc và ở Huế, Nam bộ phần nhiều không do người xuất gia lập nên, rồi sau được các chúa Nguyễn “sắc tứ” tức là công nhận chùa ấy là chùa chính thức.
Sớm nhất có lẽ là chùa Vạn An, vào năm Vĩnh Thịnh lục niên 1710 đã được chúa Nguyễn Phúc Chu tức Minh Vương (1691-1725) sắc tứ, sau đó đến chùa Hộ Quốc, do Chính suất thống Nguyễn Cửu Vân, người làng Vân Dương, tỉnh Thừa Thiên, vào kinh lược, dựng chùa từ trước. Đến năm 1734 được chúa Ninh vương Nguyễn Phúc Trú (1725-1738) sắc tứ. Một số chùa khác thì do người Trung Hoa lập nên như chùa Tam Bảo do Mạc Cửu dựng ở Hà Tiên, chùa Giác Lâm do người Minh Hương Lý Thụy Long dựng năm 1774 tại Gia Định. Ít thấy sách vở nói đến chùa cũ của PG Khơme để lại.
Sau đó một thời gian, các vị Tổ trong hai dòng Nguyên Thiều và Liễu Quán đến lập chùa hoằng hóa PG Đại Việt rộng rãi ở Nam Bộ; nhất là dòng Thiền Nguyên Thiều với bài kệ: “Đạo Bổn Nguyên Thành Phật Tổ Tiên…” được truyền thừa rất rộng ở Gia Định-Biên Hòa khoảng hạ bán thế kỷ thứ XVIII.
PG Gia Định-Sài Gòn có duyên để giao lưu với PG Huế (Thuận Hóa ?) là khoảng đầu triều Nguyễn về sau. Do một duyên cớ lịch sử là lúc bị Tây Sơn truy kích, Nguyễn Ánh bôn đào về Nam, chạy trốn vào nhiều chùa PG ở Gia Định-Sài Gòn – Đồng Nai-Biên Hòa như các chùa Đại Giác, Từ Ân v.v..
Lúc này PG Gia Định-Sài Gòn đã có cơ sở vững chắc, chùa chiền nhiều, trong sơn môn đã có chư Tổ danh tiếng như Minh Vật-Nhất Tri (?-1786), Phật Ý-Linh Nhạc (1725-1821), Tổ Ấn-Mật Hoàng (1735-1835), Tổ Tông-Viên Quang (?-1827), Thiệt Thoại-Tánh Tường (1741-1847), Thiệt Thành-Liễu Đạt (?-1823), và các đệ tủ nổi danh của ngài như Tế Chánh-Bổn Giác, Tế Bổn-Viên Thường…