Năm 1957
Từ kỳ nhập hạ 1957, ngài Thiện Hoa mở khóa huấn luyện trụ trì ở hai trú xứ chùa Pháp Hội và chùa Dược Sư. Từ đó trở đi, hàng năm đều mở hai khóa trụ trì vào mùa kiết hạ và kiết đông. Khóa Tăng thu nhận 30 vị, khóa Ni 50 vị. Mục đích khóa này là cung cấp toàn diện kiến thức về diễn giảng, về nghi lễ của Giáo hội cho đông đảo Tăng Ni từng xuất thân lớp sơ đẳng Phật học đường, hay những vị Tăng Ni từ khi đi tu xuất gia, nhưng chưa có cơ hội học qua trường lớp giáo lý. Những vị tốt nghiệp khóa trụ trì này được Giáo hội bổ nhiệm đi trụ trì các chùa do Hội Phật học mới xây cất ở các nơi, hay các chùa do chủ chùa cúng lại cho Giáo hội, như chùa Giác Sanh ở Phú Thọ, Ni sư già yếu mà chùa thì cất và lưu truyền trên 100 năm, nay Ni sư cúng lại cho Giáo hội quản cố. Giáo hội đã cử Thầy Thiện Thành, tốt nghiệp khóa trụ trì đầu tiên đến trụ trì, và Ngài trụ nơi ấy đến khi viên tịch. Cũng có nhiều vị xuất thân từ khóa huấn luyện trụ trì, về sau thành giảng sư nổi tiếng. Chương trình học bao gồm phương pháp diễn giảng, tổ chức hành chánh, nghi thức truyền Tam quy Ngũ giới, Bát quan trai, nghi lễ theo Giáo hội tức đơn giản không như xưa, tán tụng trống đẩu quá nhiều, giáo lý, lịch sử Phật Tổ đều được giảng, cả đến bộ Lăng Nghiêm, Duy Ma Cật cũng được giảng tóm tắt. Giáo sư gồm ngài Thiện Hoa là chủ giảng, còn có quý ngài Thiện Hòa, Huệ Hưng, Thiền Định. Học viên mãn khóa trở về trú xứ, rồi khóa hai lại trở lên dự học, hai năm là 4 khóa tốt nghiệp.
Năm 1959, khóa huấn luyện trụ trì được dời về chùa Tuyền Lâm, đường Lục Tỉnh, đổi tên là khóa Như Lai sứ giả. Mấy khóa huấn luyện ấy đã cung cấp đủ nhu cầu, sau đó không còn mở tiếp. Khóa Như Lai sứ giả khi mới nghe tên này, nhiều người thấy nó lớn quá, nhưng ngài Thiện Hoa nói, tại sao lại ngần ngại. Chúng ta là Tăng sĩ, người hành Như Lai sự, tác Như Lai sứ là đúng rồi. Chí hướng chúng ta là hoằng truyền giáo pháp Phật Tổ, làm cho ánh sáng trí huệ Phật pháp rực sáng giữa cuộc đời đầy đau khổ, như thế chúng ta là trưởng tử Như Lai, phải hành Như Lai sự, tác Như Lai sứ thì đó là hạnh nguyện sung mãn rồi. Từ đó, ngài viết câu châm ngôn cho học viên ghi lòng rằng: “Con nguyện hiến thân cho đạo pháp, nơi đâu đạo pháp cần, chúng sanh cần thì con đến. Chẳng kể gian lao, không từ khó nhọc”.