Thành phố Hồ Chí Minh hiện có ba hệ phái đang hoạt động, đó là hệ phái Bắc tông, Nam tông và Khất sĩ.
Hệ phái Bắc tông còn gọi là phái Bắc truyền hay Phật giáo Đại thừa (Mahayana) vì được truyền bá từ phía Bắc Ấn Độ. Việc tu hành ngoài tự tu, tự giác, còn lo cho việc giác ngộ người quanh mình, nên ngoài 250 giới thọ nhận cho một tỳ kheo, còn thọ thêm Bồ tát giới. Ni giới tỳ kheo thọ 348 giới. Hệ phái Bắc tông chịu ảnh hưởng từ các phái Lâm Tế và Tào Động ở Trung Quốc truyền sang, chia thành nhiều dòng như Tổ Đạo, Đạo Bổn Nguyên, Chúc Thánh, Liễu Quán, Trí Huệ, Thiên Thai Thiền giáo tông, Thiên Thai Giáo Quán tông…
Hệ phái Nam tông còn gọi Nam truyền Phật giáo hay Phật giáo Tiểu thừa (Hinayana). Tỳ kheo Nam tông thọ 227 giới. Hệ phái Nam tông có mặt trong hai cộng đồng người Việt và Khmer. Trong cộng đồng người Việt, Phật giáo Nam tông do sư Hộ Tông truyền từ Campuchia về, đặt ngôi chùa Bửu Quang ở Thủ Đức làm nơi sinh hoạt đầu tiên.
Hệ phái Nam Tông trong cộng đồng người Khmer sinh hoạt gắn với các chùa Khmer theo Phật giáo Nam tông ở đồng bằng sông Cửu Long. Tại Thành phố Hồ Chí Minh, chỉ có hai ngôi chùa của người Khmer là chùa Chantaransay (quận 3) và Pôthiôvng (quận Tân Bình).
Hệ phái Khất sĩ phát sinh ở miền Nam Việt Nam, do đức tôn sư Minh Đăng Quang khai sáng, phối hợp hai đường hướng tu hành của Bắc tông và Nam tông. Đường hướng giáo lý ảnh hưởng theo Bắc tông, còn y phục theo màu sắc và cách vấn y của Nam tông. Ngôi tịnh xá quan trọng ở Thành phố Hồ Chí Minh dành cho tăng sĩ là Tịnh xá Trung Tâm và dành cho ni giới là tịnh xá Ngọc Phương. Ngoài ra còn nhiều tịnh xá khác phân bố khắp các quận huyện trong thành phố.
Trước 1975, hệ phái Nam tông và Khất sĩ thực hành việc khất thực vào mỗi ngày từ sáng sớm đến trưa. Hiện nay hai hệ phái này không đi khất thực nữa, mà tự túc lương thực, thực phẩm tại chùa.