Khi kháng chiến giành độc lập bùng nổ, Tùng Lâm Kim Sơn đã vào tình trạng điêu tàn hẳn. Tăng sĩ thì hoặc vào Nam, hoặc tham gia kháng chiến chống Pháp ở khắp các tỉnh, hoặc về Huế để lo củng cố Giáo hội Tăng già và củng cố Phật học đường Báo Quốc. Nhưng lại có một vị Giảng sư trẻ tuổi ở lại Tùng Lâm Kim Sơn, chịu mọi gian lao, đói khát cực khổ vì chiến nạn với dân quanh vùng An Ninh, Lựu Bảo…
Giảng sư đó là Thầy Thích Trí Thuyên, thế danh là Trần Trọng Thuyên, sinh năm Quí Hợi 1923 tại xã Tịnh Long, huyện Sơn Tịnh, Quảng Ngãi. Ở chùa từ thuở bé thơ, Ngài là vị “đồng chơn nhập đạo” xuất gia với Đệ Lục Tổ Thiên Ấn Hòa thượng Chơn Trung – Diệu Quang tại chùa Thiên Ấn, Quảng Ngãi.
Với tư chất thông minh khác người, Ngài được Bổn sư gởi đến học lớp gia giáo Phật học tại chùa Long Sơn, huyện Sơn Tịnh, Quảng Ngãi. Sau một thời gian, Ngài lại đến núi Thình Thình huyện Bình Sơn thọ học ở chùa Viên Giác – Thanh Thanh Sơn.
Năm Giáp Tuất 1934, phong trào chấn hưng Phật giáo đang được phát động rầm rộ tại Trung kỳ. Để đào tạo Tăng tài làm trụ cột cho Giáo hội, chư Hòa thượng Giác Tiên và Ngài Mật Khế đứng ra thành lập trường An Nam Phật Học tại chùa Trúc Lâm – Huế, cung thỉnh Hòa thượng Phước Huệ làm chủ giảng. Lớp này chỉ thu nhận 50 học Tăng, Ngài dự thi tuyển và có mặt trong khóa học này cùng các vị Thiện Minh, Trí Quang…, Ngài là một trong 6 vị Tăng sinh ưu tú đỗ cả kỳ thi viết và vấn đáp.
Năm Quý Mùi 1943, sau 9 năm chuyên cần học tập ở Phật học đường, Ngài tốt nghiệp khóa Đại học Phật giáo đầu tiên của phong trào chấn hưng Phật giáo, Ngài ở lại Huế tiếp tục nghiên cứu giáo điển và thực tập diễn giảng thuyết pháp.
Năm Giáp Thân 1944, khi Ngài 21 tuổi, được tấn đàn thọ Cụ túc giới tại Đại giới đàn chùa Thuyền Tôn – Huế do Hòa thượng Giác Nhiên làm Đàn đầu truyền giới. Sau khi lãnh thọ giới pháp, Ngài được chư Hòa thượng trong Giáo hội Tăng Già Thừa Thiên – Huế phân bổ cùng chúng Tăng đến Tùng Lâm Kim Sơn hoằng hóa, tại đây Ngài đã trở thành vị Giảng sư trẻ tuổi được đông đảo tín đồ tín nhiệm.
Năm Ất Dậu 1945, sau cuộc cách mạng giành độc lập vào tháng Tám, người Pháp trở lại tái chiếm Việt Nam, và khủng bố ruồng bắt những ai đã ủng hộ phong trào độc lập không chịu làm tay sai cho chính phủ bảo hộ. Những bài giảng pháp của Ngài luôn mang tính đoàn kết dân tộc, ca ngợi độc lập tự chủ, chống áp bức bóc lột theo tinh thần Bi Trí Dũng của Phật giáo. Với lập luận vững chắc, tư thái đường hoàng, Ngài hướng dẫn tín đồ vào một tương lai tươi sáng của Đạo pháp – dân tộc.
Tinh thần yêu nước, thương đồng bào của Ngài thể hiện rõ nét qua hành động tham gia dạy học chống nạn mù chữ cho nhân dân; tổ chức phong trào từ thiện quyên góp cứu trợ nạn đói kém đang hoành hành đồng bào cả nước bởi cuộc chiến gây ra. Tại Kim Sơn, Ngài đã nhịn bớt phần ăn của mình để lấy gạo nấu cơm phát cho dân nghèo đói, việc đó khiến cho mật thám Pháp theo dõi, cô lập Tùng Lâm Kim Sơn.
Năm Bính Tuất 1946, tất cả Tăng chúng Tùng Lâm Kim Sơn di tản, Ngài tình nguyện ở lại giữ chùa, trường học và kinh sách, cộng với việc không ít Tăng sĩ ở đây tạm xếp áo cà sa thoát ly tham gia kháng chiến khiến cho hồ sơ Tùng Lâm Kim Sơn và bản thân Ngài mỗi lúc thêm nặng nề dưới mắt người Pháp và chính phủ bảo hộ.
Còn lại một mình nơi Tùng Lâm Kim Sơn với những “đêm dài u tối” như vậy, Ngài chẳng hề nao núng, vẫn giữ đúng thanh quy chốn Già lam thường ngày, thể hiện tinh thần một Phú Lâu Na giữa chốn nghịch duyên là nhiệm vụ của người tu hành trước chân lý đã tôn thờ.
Vào chiều chủ nhật ngày mồng 3 tháng 3 năm Đinh Hợi (23-2-1947), thực dân Pháp đóng đồn ở Văn Thánh đã tràn qua mở trận càn quét vùng Lựu Bảo – Kim Sơn. Bọn giặc lên chùa, Giảng sư Trí Thuyên bị chúng bắt. Ngài đã dùng tiếng Pháp nói với bọn chúng để cho Ngài cầu một thời kinh rồi hãy bắn. Ngài ngồi kiết già uy nghi tụng kinh trước họng súng của giặc. Thời kinh vừa xong, Ngài đã ngã gục trước những phát đạn bạo tàn. Một đồng bào người Thiên Chúa giáo ở An Vân, vô tình chứng kiến được cái chết của Giảng sư Trí Thuyên, đã kể lại sự việc với lời bình phẩm: “Tôi chưa bao giờ thấy được cái cảnh tử đạo nào cao cả bi tráng như vậy”.
Năm đó, Ngài vừa đúng 24 tuổi đời, 3 tuổi đạo. Dân trong vùng đã an táng Ngài trong khuôn viên Tùng Lâm Kim Sơn xưa. Ngày nay Giáo hội đã xây lại tháp của Ngài ở trước vườn chùa, bên tay phải chánh điện, bia tháp nhìn về hướng Đông, bên trên khắc chữ “Tăng Già Giáo Hội” ở dòng giữa có sáu chữ lớn “Trí Thuyên Giảng Sư chi tháp”.
Tháp của Giảng sư Trí Thuyên là một nơi chôn giữ dấu tích để phát ra ánh sáng lý tưởng của con người chân quân tử phương Đông : “Uy vũ bất năng khuất” và hơn thế biểu hiện cho phong cách “Sống như Chánh Pháp, chết như Chánh Pháp, nói năng như Chánh Pháp và yên lặng như Chánh Pháp” của đức Từ phụ đã thuyết dạy từ ngàn xưa.