Năm 1821

Thiền sư Linh Nhạc-Phật Ý, sau một quá trình dài đổ nhiều công sức cho công cuộc khai hoang, ổn định đời sống tinh thần cho cư dân Gia Định, năm 1821 Thiền sư viên tịch tại chùa Từ Ân, thọ 97 tuổi. Buổi lễ an táng được tổ chức long trọng và ngọn tháp đã được dựng lên trong khuôn viên chùa. Nhưng những năm 1859-1961, chùa bị đốt cháy do sự chiếm đóng thành Gia Định của Pháp, ngôi chùa đành phải bị di dời. Một số hoành phi, liễn đối, tượng thờ được đem về ngôi chùa mới, được dựng lên gần rạch Ông Buông, quận 6, lấy tên cũ để lưu giữ [i] . Tuy nhiên, ngôi tháp của vị Tổ sư, xem như là vị Tổ đầu tiên của Phật giáo ở Gia Định, của dòng đạo Bổn Nguyên, lại được đưa về cải táng tại chùa Giác Lâm, nên từ đó chùa Giác Lâm trở thành tổ đình của dòng phái Bổn Nguyên.

[i] . Chùa Từ Ân hiện nay thuộc số 23 đường Tân Hóa, phường 14, quận 6, thành phố Hồ Chí Minh

Từ trên những thăng trầm của lịch sử, ngôi chùa Từ Ân mới được dựng lên vào cuối thế kỷ XIX (1870), khiêm tốn nằm trên đường Tân Hóa. Kiến trúc tuy không bề thế, qui mô, lộng lẫy và khang trang tương xứng với một đại bửu sát trước đây, nhưng bên trong ngôi chùa ấy là một “kho tàng” vô giá, đã góp phần lưu giữ văn hóa PG Gia Định qua nhiều thế hệ, đã giúp cho dòng chảy văn hóa PG Gia Định vẫn còn luân chuyển tiếp nối, thể hiện qua nhiều hiện vật có giá trị lịch sử – văn hóa như hoành phi, liễn đối, tượng thờ, bài vị…