Hòa thượng Thích Tịnh Khiết, thế danh là Nguyễn Văn Kỉnh, sinh ngày 17 tháng 11 năm Tân Mão (1890), tại làng Dưỡng Mông Thượng, huyện Phú Vang, tỉnh Thừa Thiên. Thân sinh là cụ ông Nguyễn Văn Toán và cụ bà Tôn Nữ Thị Lý. Ngài là con trai thứ ba trong gia đình, bẩm tính thông minh, năm 15 tuổi Ngài đã tinh thông Nho học rõ lẽ xuất xứ ở đời, nhưng với chí khí xuất trần, muốn vươn tới một phương trời cao rộng Ngài đã xin phép song thân được xuất gia tầm sư học đạo.
Năm 1905, Ngài xuất gia tại chùa Tường Vân, làng Dương Xuân Hạ, huyện Hương Thủy, tỉnh Thừa Thiên, và đã thọ giáo với Đại lão Hòa thượng Thanh Thái, hiệu Phước Chỉ, là đệ tam Tổ chùa Tường Vân, đời thứ 41 Thiền phái Lâm Tế. Ngài được ban pháp danh là Trừng Thông, tự Chân Thường.
Với bẩm tánh thuần thành, cốt cách đạo vị Ngài đã vượt mọi thử thách cam go trong bước đầu hành đạo, tinh cần học hỏi chánh pháp với các bậc thạc đức cao Tăng trong chốn thiền môn, chuyên tâm thực hành giới định tuệ. Đến năm 19 tuổi (1910), đạo phong ngày càng tỏa rạng, Ngài được đặc cách miễn tuổi để thọ Cụ Túc giới tại Đại giới đàn Vĩnh Gia do tổ Vĩnh Gia làm Đàn Đầu, Hòa thượng Tâm Truyền làm Yết Ma và Hòa Thượng Hoàng Phú làm Giáo Thọ. Sau khi đắc giới Cụ Túc, Ngài trở về trú xứ phát nguyện lạy bộ Vạn Phật, mỗi chữ mỗi lễ, trong suốt ba năm liền.
Năm 26 tuổi (1916), Ngài nhận chức trú trì chùa Phước Huệ, thuộc phủ Tuy Lý Vương, thôn Vỹ Dạ, huyện Phú Vang, tỉnh Thừa Thiên.
Đến năm 30 tuổi (1920) ngài đắc pháp với Hòa thượng Bổn sư, được ban Đạo hiệu là Tịnh Khiết, kế vị Tổ đời thứ 42 thuộc Thiền phái Lâm Tế với bài kệ phú pháp như sau:
“Trừng Thông tâm pháp bản đồng nhiên.
Phó nhữ Chân Thường đạo chí kiên.
Tịch nhiên khai ngộ chủ nhơn tiền”.
Năm 32 tuổi (1922), sau khi cư tang nghiệp sư, Ngài cùng Hòa thượng Huệ Pháp theo học lớp Cao đẳng Phật học tại chùa Thiện Hưng, tham cứu kinh điển cùng Ngài Phước Huệ, chùa Thập Tháp trong suốt thời gian năm năm.
Năm 42 tuổi Ngài làm dẫn thỉnh sư tại Đại giới đàn chùa Từ Hiếu.
Năm 44 tuổi Ngài trở về trú trì chùa Tường Vân, kế vị Hòa Thượng Tịnh Hạnh, anh ruột của Ngài vừa viên tịch.
Năm 1935, một lớp Trung Đẳng Phật Học được mở tại chùa Tường Vân dưới sự trông nom của Ngài.
Năm 48 tuổi (1938), Ngài được cung thỉnh Chứng minh Đạo sư sáng lập AN NAM PHẬT HỌC HỘI.
Năm 50 tuổi (1940), Ngài làm Giám đốc đạo hạnh Viện Cao đẳng Phật học, mở tại chùa Tường Vân và Báo Quốc, nơi đào tạo nhiều Tăng tài, lỗi lạc xuất chúng lãnh đạo Giáo hội qua nhiều thế hệ như Hòa thượng Thiện Hoa, Thiện Hòa, Hành Trụ, Trí Tịnh, Thiện Siêu…
Năm 54 tuổi (1944), Ngài được cung thỉnh, làm Yết Ma Đại giới đàn tại chùa Thuyền Tôn, Huế.
Năm 57 tuổi (1947), Ngài được suy tôn chức vụ Tòng Lâm Pháp Chủ Trung Việt.
Năm 58 tuổi (1948), Ngài làm Đàn đầu Hòa thượng Đại giới đàn mở tại chùa Báo Quốc, Huế. Hòa thượng Thiện Siêu là thủ Sa di trong Đại giới đàn này.
Ngày 06.5.1951, năm mươi mốt đại biểu của sáu hội Phật giáo Nam, Trung, Bắc họp tại chùa Từ Đàm, Huế quyết nghị thành lập Tổng Hội Phật Giáo Việt Nam, Ngài được suy tôn Hội chủ. Đến ngày 7-9-1952, Ngài được bầu làm chủ tọa Đại Hội Phật Giáo Tăng Già toàn quốc họp tại chùa Quán Sứ, Hà Nội.
Vào ngày 8.3.1953, Ngài vào miền Nam chủ tọa lễ suy tôn Hòa thượng Huệ Quang làm Pháp Chủ Giáo Hội Tăng Già Nam Việt tại chùa Ấn Quang, Sài Gòn.
Năm 66 tuổi (1956), Ngài cùng với Hòa thượng Huệ Quang lãnh đạo phái đoàn Phật giáo Việt Nam tham dự Đại Hội Phật Giáo Thế Giới tổ chức tại Tích Lan, và chiêm bái Phật Tích tại Ấn Độ.
Ngày 20-2-1962, Ngài đã ký cùng lúc hai văn thư gởi Tổng Thống Ngô Đình Diệm và Quốc Hội để phản đối chính sách kỳ thị tôn giáo, kêu gọi Tăng tín đồ đoàn kết nhất trí và cùng với chư Tôn đức khác lãnh đạo cuộc đấu tranh lịch sử này.
Năm 73 tuổi (1963), Ngài tiếp tục lãnh đạo cuộc đấu tranh bảo vệ tín ngưỡng, phản đối chính sách kỳ thị Phật giáo của chính quyền Ngô Đình Diệm. Trong cuộc đấu tranh ngày 20-8-1963, Ngài cũng chịu chung số phận với Phật giáo đồ bị đàn áp đến phải mang thương tích ngay dưới chân tòa sen khi nén hương tâm nguyện còn đang cháy dở. Sau đó, Ngài bị quản thúc và chịu nhiều áp lực chính trị tâm lý, Ngài vẫn kiên tâm vững chí, và cuộc đấu tranh bất bạo động và đầy gian khổ này đã kết thúc thành công vào cuối năm 1963, khi chính quyền Ngô Đình Diệm bị sụp đổ.
Năm 74 tuổi (1964), Đại hội Phật giáo Việt Nam suy tôn Ngài lên ngôi vị Tăng Thống Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất.
Cùng năm 1964, Ngài làm Đàn đầu Hòa thượng Đại giới đàn tổ chức tại Việt Nam Quốc Tự, Sài Gòn.
Năm 78 tuổi (1968) làm Đàn đầu Hòa thượng Đại giới đàn tổ chức tại Phật Học Viện Hải Đức, Nha Trang.
Với ngôi vị Tăng Thống, Ngài đã vận dụng phương châm lấy “Từ bi xóa bỏ hận thù” để nói lên tiếng nói đích thực của người Phật tử đối với đất nước và nhân loại. Ngài truyền thừa một sứ mệnh cao cả mà chư Tổ tiền bối đã khéo léo vận dụng để hòa nhập và tồn tại với dân tộc qua những chặng đường lịch sử.
Pháp âm của Ngài hãy còn vang vọng qua nhiều bức thông điệp thể hiện đường lối hòa bình của Tăng tín đồ Phật tử Việt Nam, đặc biệt là bức thông điệp gởi Đại hội Quốc tế về Tôn giáo và Hòa Bình vào tháng 10-1970, trong đó nguyện vọng tha thiết mong mỏi hòa bình của dân tộc Việt Nam được thể hiện qua việc kiến nghị nhiều phương thức giải quyết chiến tranh và củng cố hòa bình.
Về quan điểm xây dựng đất nước, Ngài kêu gọi giữ gìn bản sắc văn hóa dân tộc, đoàn kết không chia rẽ tôn giáo đảng phái, tập trung vào công cuộc xây dựng bảo vệ dân tộc và đất nước, đó cũng chính là bảo vệ lý tưởng của mình.
Đối với Tăng Ni và tầng lớp Phật tử trẻ, nhất là những vị sơ cơ trực diện với công tác xã hội, Ngài không ngừng khuyên nhủ hãy giữ gìn sơ tâm, nghiêm trì giới hạnh, giữ lấy phương châm “Tùy duyên bất biến” và khuyên đừng bao giờ lợi dụng tuổi trẻ, chức phận, dễ dãi với bản thân mà làm những chuyện phương hại đến đạo pháp.
Cuối năm 1972, Ngài rời Sài gòn về Huế để tiến hành việc tu sửa Tổ đình Tường Vân và chú đại hồng chung, rồi đi thăm viếng các Tổ đình và các vị Trưởng lão tại cố đô như là chuẩn bị cho một hành trình khác.
Sau vài ngày pháp thể khiếm an như có linh cảm về sự ra đi của mình, Ngài ân cần phó chúc cho Tăng Ni, Phật tử những lời di huấn tối hậu và Ngài đã an tường xả bỏ báo thân vào hồi 20 giờ 45 phút ngày 23 tháng giêng năm Quý Sửu (25-2-1973), trụ thế 83 năm, 64 hạ lạp. Tháp của Ngài an trú tại Tổ đình Tường Vân, hiệu là Thanh Trai.
Ngài đã thể nhập vào Niết bàn Tịnh lạc, nhưng đạo phong của Ngài vẫn tồn tại với non sông đất nước và trong lòng người con Phật.