Tổ Phi Lai thế danh là Nguyễn Văn Hiển, Pháp hiệu Chí Thiền(1). Ngài sinh tháng 02 năm Tân Dậu (1861) tại Quảng Nam, xã Diêm Sơn, huyện Duy Xuyên, trong một gia đình nhiều đời làm quan triều đình và có lòng kính tin Phật pháp. Ông nội là Hộ Quốc Công Nguyễn Công Thành, dưới triều Tự Đức,(2) thân phụ Ngài là quan Tổng Trấn Quảng Nam, rất được lòng dân(3).
Ngài lớn lên trong sự giáo dục nghiêm nhặt theo đúng truyền thống gia phong, văn võ song toàn, trí đức ngời sáng. Tuy ở dinh Tổng Trấn với nếp sống quyền quý, nhưng Ngài vốn bản tính hiền hậu hay giúp đỡ mọi người. Giữa lúc thiếu niên đang cần sự dạy bảo của phụ thân thì ông qua đời. Ngài phải nương dựa vào mẹ và tiếp tục phấn đấu học hành tiến thủ.
Năm Mậu Dần (1878), khi Ngài 18 tuổi, vua sắc chỉ trọng dụng con công thần làm quan, Ngài được bổ nhậm làm quan Hậu Bố tại hạt Khánh Hòa. Tuy làm quan, có tài kinh lược, nhưng Ngài vẫn không cảm thấy thích thú với quan lộ như truyền thống gia đình. Ngài bí mật tham gia phong trào khởi nghĩa Văn Thân. Khi phong trào tan rã, Ngài lánh nạn vào miền Nam ở đất Gia Định để tránh sự theo đuổi của quan quân triều đình và mật thám Pháp.
Năm Tân Tỵ (1881) tại nơi lánh nạn này, Ngài cảm nhận được sự vô thường, danh lợi như chiếc bóng thoáng qua, chiêm nghiệm thực cảnh biển dâu, thống khổ bấy giờ chỉ là giấc mộng, chí xuất trần bộc phát nên Ngài đến chùa Giác Viên Chợ Lớn xin xuất gia học đạo với Tổ Hoằng Ân – Minh Khiêm, được Tổ ban pháp hiệu Chí Thiền, pháp danh Như Hiền.
Từ đó, Ngài theo thầy Tổ để học đạo, và noi gương Lục Tổ Huệ Năng phát nguyện bửa củi, gánh nước, giã gạo v.v… không nề gian lao khổ cực suốt một thời gian dài. Sau đó Ngài phát nguyện đóng chuông ngày sáu thời ròng rã suốt ba tháng. Mãn đóng chuông ba tháng, Ngài phát tâm công quả đấp nền chùa Giác Viên hằng ngày bằng 100 xe đất cho đến lúc thành tựu. Sau đó Ngài xin Bổn sư cho nhập thất ba năm, được Thầy ban pháp ấn. Ba năm nhập thất cũng đạt sở nguyện viên mãn, Ngài lại cùng Bổn sư lo xây dựng ngôi Tam bảo Giác Sơn. Ngôi chùa được khánh thành, Bổn sư cử Ngài làm Thủ tọa coi sóc trong ngoài chùa Giác Sơn. Cho đến khi Bổn sư viên tịch vào năm Kỷ Tỵ (1899), Ngài lại kiêm nhiệm trụ trì chùa Giác Viên.
Năm Giáp Thìn (1904), trận bão lụt lớn nhất miền Nam thời ấy, gây tai họa thảm khốc cho nhân dân Gò Công. Ngài đích thân quy nạp ghe thuyền với sự trợ sức của Tăng tín đồ tỉnh Gò Công, cứu giúp gần một vạn người đang bị nước cuốn trôi. Giữa trận mưa bão tơi bời, hình ảnh Tăng sĩ vật lộn với thiên tai đã đem lại lòng tin nơi những người cộng sự và để lại trong lòng người dân tỉnh Gò Công một hình ảnh hết sức tốt đẹp và cao quý. Nhất là nơi vàm Ốc Len ngay chính ghe cứu nạn của Ngài bị lật úp, nhưng với tinh thần từ bi cao cả và bình tĩnh sáng suốt, Ngài đã nhanh chóng biến nguy nan thành sức mạnh tự tại, nhờ đó mà vượt qua được nạn tai.
Sau trận bão lụt, ngoài việc tiếp tục lo tìm xác thu lượm chôn cất và làm lễ cầu siêu cho những người xấu số, Ngài còn vận động xây cất nhà cửa, dọn dẹp những căn nhà đổ nát và cấp phát thuốc men ngừa bệnh. Ngày rằm tháng chạp năm đó, Ngài trở về quê cũ thăm mẫu thân thì mẹ đã qua đời. Ngài lo an táng và cầu siêu cho mẹ đến chung thất mới trở lại chùa.
Sau khi sắp đặt cắt cử mọi việc trong chùa xong, Ngài cùng một thị giả đến chùa Giác Sơn, từ giã huynh đệ thẳng đường đến núi Sam – Châu Đốc, ẩn dật tu hành. Khi đi ngang kênh Vĩnh Tế, Ngài được ông Năm Thanh đưa sang bờ và hướng dẫn đến chùa Phi Lai Cổ Tự lễ Phật. Đây là ngôi chùa vách đất, vắng vẻ hoang vu, do đó khi lễ Phật xong Ngài cùng thị giả đi thẳng qua hướng Thạch động, núi Cấm, yên chí tu hành nhưng không quên ngôi chùa vắng vẻ đìu hiu ấy. Ông Năm Thanh, sau khi tiễn Ngài lên núi, trở về bàn cùng hương chức và Phật tử địa phương cung thỉnh Ngài trụ trì chùa Phi Lai và được Ngài hứa khả. Chùa Phi Lai sau đó được Ngài về trụ trì. Nhờ uy đức và hạnh nguyện, Ngài đã biến nơi đây thành chốn già lam đông đúc Tăng tín đồ đến thọ pháp, cuộc sống người dân quanh vùng có biến đổi mới mẻ và chan hòa ý sống tình đạo.
Năm Đinh Mùi (1907), một thảm họa khác lại đưa đến, do nước lũ ngập úng, cây cối hoa màu không sinh sôi nảy nở, mùa màng tổn thất. Ngài cho cứu tế khắp nơi, đem cả lương thực của chùa ra phân phát, kêu gọi dân chúng lên núi vào ở ngay trong chùa, đợi cho đến khi nước rút mới thôi. Do đó mà người dân đã thoát qua được những trận thiên tai địa ách bằng lòng tin và cách sống vị tha của Ngài. Họ đã đứng sau lưng Ngài trong suốt 49 ngày lập đàn Dược Sư cầu nguyện. Sau những biến động thiên tai dồn dập ấy, Ngài phát nguyện tịch cốc, chỉ ăn rau trái, với tâm nguyện chịu nỗi khổ thay dân trong suốt mười hai năm liền.
Do những hoạt động và tinh thần xả thân vì chúng sanh, Ngài được quần chúng ngưỡng mộ và hết lòng quy thuận, nên mật thám Pháp nghi ngờ Ngài làm quốc sự và bắt giam Ngài trong mười tháng.
Do những hoạt động và tinh thần xả thân vì chúng sanh, Ngài được Lục Cả chùa Tà Lạp ở Campuchia hiến cúng pho tượng Phật cổ hàng trăm năm bằng vàng, để tôn trí tại chùa Phi Lai. Đủ nói lên tinh thần và oai đức của Ngài đã vượt ra khỏi biên giới bản địa, kết chặt thêm tình đạo cao sâu, giữa thời buổi chiến tranh loạn lạc.
Thời điểm mở đầu của phong trào chấn hưng Phật giáo, Tổ Khánh Hòa cùng chư Hòa thượng đồng tâm nguyện họp bàn công việc Phật sự tại chùa Linh Sơn Sàigòn, Ngài không đến được, đã gửi cúng vào quỹ Chấn hưng ba trăm đồng tiền Đông Dương.
Năm Đinh Mẹo (1927), Ngài chứng minh lễ khai giảng lớp học Tăng ở chùa Giác Hoa tỉnh Sóc Trăng. Năm Kỷ Tỵ (1929), Ngài chứng minh Đại giới đàn chùa Trùng Khánh ở Phan Rang.
Năm Nhâm Thân (1932), sau khi Hội Nam Kỳ Nghiên Cứu Phật Học được thành lập, Ngài tham gia vận động trực tiếp cổ xúy cho Hội, khuyến khích Phật tử tích cực ủng hộ hầu làm cho ngôi nhà Chánh pháp thêm vững mạnh, huy hoàng.
Năm Quí Dậu (1933), Ngài thọ bệnh và an dưỡng tại thiền sàng, Ngài ứng hẹn vào vía Phật nhập Niết Bàn sẽ viên tịch. Quả đúng như thế, đến ngày rằm tháng 02, sau khi dặn dò các đệ tử, Ngài chắp tay nói bài kệ:
Nhứt niệm viên quang tội tánh không
Đẳng đồng pháp giới hàm thanh tịnh.
rồi an nhiên thâu thần thị tịch. Ngài trụ thế được 73 năm, hành đạo 52 năm. Bảo tháp của Ngài được xây tại chùa Phi Lai Châu Đốc.
Cuộc đời của Tổ Phi Lai còn rất nhiều hành trạng bí mật trong việc giúp đỡ các phong trào yêu nước chống Pháp và những pháp thuật cứu đời. Học thức uyên thâm và đức độ của Ngài đã cảm hóa không biết bao nhiêu người trở thành đệ tử Ngài, quy y theo Phật, xuất gia học đạo và thế hệ kế thừa Ngài là những vị Tăng tài xuất chúng đóng góp cho sự nghiệp phát triển Phật giáo Việt Nam rạng rỡ huy hoàng.
Tổ Phi Lai là tiêu biểu cho thế hệ danh Tăng ở miền Tây Nam bộ, đóng góp công sức rất lớn cho phong trào chấn hưng, mà lịch sử mãi còn kính ghi khắc lại tưởng niệm đời đời.
Chú thích :
1) Có nơi gọi là Chí Thành – vì cữ tên ông nội nên gọi là Chí Thiền (Phật Giáo Việt Nam Sử Lược Tập III – Nguyễn Lang) – (Ý kiến Trương Ngọc Tường).
2) Có ý kiến cho rằng ông nội của Ngài là Tiền Quân Nguyễn văn Thành dưới triều Tự Đức. Sau biến cố gia đình theo anh về Bình Định (đang làm Bố Chánh Bình Định) – (Trương Ngọc Tường).
3) Có bản tiểu sử ghi Ngài là con của Hộ Quốc Công Nguyễn Công Thành (Tiểu sử chùa Kim Quang-Nha Trang, Tiểu sử chùa Từ Quang – Thủ Đức ).